6 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Babakan dilalui 6 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Airlangga | #39 | 13:43 | 13:45 |
| Argo Muria | #40 | — | 10:11 |
| Dharmawangsa Ekspres | #39 | 11:59 | 12:01 |
| Matarmaja | #83 | 19:43 | 19:45 |
| Tawang Jaya | #23 | 14:38 | 14:40 |
| Tegal Bahari | #39 | 14:17 | 14:20 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.