Kode BJ · 12 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Bojonegoro dilalui 12 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Airlangga | #82 | 20:17 | 20:20 |
| Ambarawa Ekspres | #15 | 07:46 | 07:49 |
| Argo Anjasmoro | #15 | 13:17 | 13:20 |
| Blambangan Ekspres | #82 | 20:44 | 20:47 |
| Commuter Line Blorasura | #4 | 05:11 | 05:13 |
| Dharmawangsa Ekspres | #82 | 18:11 | 18:14 |
| Gumarang | #15 | 16:29 | 16:32 |
| Harina | #65 | 06:58 | 07:01 |
| Kertajaya | #82 | 23:49 | 23:52 |
| Parcel Utara | #86 | 07:41 | 07:47 |
| Sancaka Utara | #15 | 08:33 | 08:36 |
| Sembrani | #15 | 09:00 | 09:03 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.