Kode CNP · 19 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Cirebon Prujakan dilalui 19 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Airlangga | #37 | 13:09 | 13:23 |
| Argo Muria | #38 | — | 09:56 |
| Batavia | #38 | — | 12:43 |
| Bengawan | #37 | 12:04 | 12:21 |
| Bogowonto | #42 | 13:10 | 13:15 |
| Brantas | #74 | 22:30 | 22:37 |
| Dharmawangsa Ekspres | #37 | 11:35 | 11:40 |
| Gajahwong | #37 | 10:56 | 11:01 |
| Gayabaru Malam Selatan | #86 | 15:57 | 16:05 |
| Jaka Tingkir | #37 | 14:34 | 14:43 |
| Kertajaya | #37 | 17:40 | 17:48 |
| Majapahit | #37 | 20:22 | 20:27 |
| Matarmaja | #85 | 20:04 | 20:09 |
| Menoreh | #26 | 09:48 | 09:53 |
| Parcel Tengah | #95 | 06:17 | 06:32 |
| Parcel Utara | #41 | 00:11 | 00:26 |
| Progo | #42 | 17:58 | 18:02 |
| Tawang Jaya | #25 | 14:58 | 15:02 |
| Tegal Bahari | #37 | 13:33 | 13:56 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.