36 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Jatinegara dilalui 36 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Argo Anjasmoro | #92 | 20:54 | 20:56 |
| Argo Merbabu | #58 | 10:53 | 10:55 |
| Argo Muria | #6 | 07:30 | 07:32 |
| Argo Sindoro | #58 | 11:52 | 11:54 |
| Bangunkarta | #106 | 18:21 | 18:23 |
| Batavia | #6 | — | 09:48 |
| Bengawan | #5 | 09:06 | 09:08 |
| Blambangan Ekspres | #5 | 12:21 | 12:23 |
| Bramnambo Service | #8 | 01:19 | 01:24 |
| Brantas | #106 | 01:28 | 01:30 |
| Cheribon Fakultatif | #32 | 23:06 | 23:08 |
| Cikuray | #48 | 11:23 | 11:25 |
| Dharmawangsa Ekspres | #5 | 08:19 | 08:21 |
| Fajar Utama Solo | #5 | 05:50 | 05:52 |
| Fajar Utama Yk | #73 | 14:14 | 14:16 |
| Gajahwong | #5 | 08:05 | 08:07 |
| Gajayana | #128 | 02:48 | 02:50 |
| Gayabaru Malam Selatan | #118 | 18:50 | 18:52 |
| Gunungjati | #32 | 08:11 | 08:13 |
| Jaka Tingkir | #5 | 12:00 | 12:02 |
| Jayakarta | #118 | 02:23 | 02:25 |
| Kertajaya | #5 | 14:40 | 14:42 |
| Madiun Jaya | #96 | 16:51 | 16:53 |
| Mataram | #83 | 16:22 | 16:24 |
| Matarmaja | #117 | 22:57 | 22:59 |
| Pangandaran | #6 | 08:44 | 08:46 |
| Papandayan | #6 | 06:50 | 06:52 |
| Parahyangan | #32 | 07:45 | 07:48 |
| Progo | #74 | 20:34 | 20:36 |
| Sawunggalih | #65 | 12:29 | 12:31 |
| Sembrani | #92 | 16:02 | 16:04 |
| Senja Utama Solo | #83 | 02:39 | 02:41 |
| Senja Utama Yk | #73 | 00:21 | 00:23 |
| Singasari | #117 | 05:21 | 05:23 |
| Tawang Jaya | #57 | 17:36 | 17:38 |
| Tawangjaya Premium | #5 | 06:56 | 06:58 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.