Kode KWN · 7 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Kutowinangun dilalui 7 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Bangunkarta | #45 | 12:00 | 12:02 |
| Batavia | #67 | — | 15:48 |
| Bogowonto | #13 | 09:34 | 09:36 |
| Gajahwong | #66 | 14:33 | 14:35 |
| Jaka Tingkir | #66 | 17:51 | 17:53 |
| Kutojaya Selatan | #4 | 09:58 | 10:00 |
| Progo | #13 | 14:30 | 14:32 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.