Kode MRI · 3 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Manggarai dilalui 3 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Argo Muria | #4 | — | 07:24 |
| Batavia | #4 | — | 09:44 |
| Commuter Line BST | #1 | — | 05:00 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.