4 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Ngebruk dilalui 4 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Commuter Line Dhoho | #8 | 05:04 | 05:07 |
| Commuter Line Penataran | #5 | 04:21 | 04:23 |
| Malabar | #5 | 06:08 | 06:14 |
| Malioboro Ekspres | #77 | 16:30 | 16:40 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.