Kode PSI · 3 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Pakisaji dilalui 3 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Commuter Line Dhoho | #10 | 05:30 | 05:46 |
| Commuter Line Penataran | #3 | 03:59 | 04:01 |
| Malioboro Ekspres | #79 | 17:05 | 17:11 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.