Kode PGB · 13 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Pegaden Baru dilalui 13 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Airlangga | #24 | 11:18 | 11:31 |
| Argo Muria | #25 | — | 08:48 |
| Bangunkarta | #87 | 16:45 | 16:47 |
| Batavia | #25 | — | 11:26 |
| Bengawan | #24 | 10:47 | 10:49 |
| Brantas | #87 | 23:57 | 23:59 |
| Cakrabuana | #29 | 08:44 | 08:46 |
| Dharmawangsa Ekspres | #24 | 09:59 | 10:01 |
| Gayabaru Malam Selatan | #99 | 17:23 | 17:25 |
| Matarmaja | #98 | 21:27 | 21:29 |
| Menoreh | #39 | 10:58 | 11:00 |
| Parcel Tengah | #108 | 07:59 | 08:04 |
| Parcel Utara | #28 | 21:35 | 21:58 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.