Kode PPK · 7 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Prupuk dilalui 7 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Batavia | #45 | — | 13:33 |
| Bengawan | #44 | 13:14 | 13:16 |
| Gajahwong | #44 | 11:47 | 11:49 |
| Gayabaru Malam Selatan | #79 | 15:01 | 15:03 |
| Jayakarta | #79 | 22:19 | 22:21 |
| Kamandaka | #9 | 06:18 | 06:20 |
| Progo | #35 | 17:04 | 17:06 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.