Kode SGU · 21 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Surabaya Gubeng dilalui 21 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Argo Semeru | #123 | 16:38 | — |
| Argo Wilis | #106 | 17:25 | — |
| Arjuno Ekspres | #23 | 07:29 | — |
| Bima | #123 | 03:20 | — |
| Commuter Line Dhoho | #34 | 08:54 | 08:57 |
| Commuter Line Supas | #2 | 02:08 | 02:10 |
| Gayabaru Malam Selatan | #1 | — | 06:25 |
| Jayabaya | #4 | 08:33 | 08:39 |
| Jayakarta | #1 | — | 13:50 |
| Logawa | #49 | 12:03 | — |
| Mutiara Selatan | #1 | — | 18:10 |
| Mutiara Timur | #4 | 09:16 | 09:24 |
| Pandalungan | #4 | 05:28 | 05:37 |
| Pasundan | #1 | — | 05:00 |
| Probowangi | #1 | — | 05:55 |
| Ranggajati | #32 | 09:09 | 09:45 |
| Sancaka | #46 | 10:47 | — |
| Sangkuriang | #1 | — | 01:37 |
| Sri Tanjung | #45 | 12:15 | 12:21 |
| Turangga | #106 | 03:40 | — |
| Wijaya Kusuma | #49 | 16:53 | 17:20 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.