Kode YK · 27 kereta melintasi stasiun ini.
Ringkas: Stasiun Yogyakarta dilalui 27 kereta menurut GAPEKA. Berikut daftar kereta beserta posisi perhentian (seq) pada stasiun ini.
| Kereta | Urutan | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| Argo Dwipangga | #78 | 14:51 | 14:56 |
| Argo Lawu | #11 | 09:15 | 09:18 |
| Argo Semeru | #78 | 12:45 | 12:50 |
| Argo Wilis | #61 | 13:34 | 13:37 |
| Bandara YIA | #1 | — | 04:20 |
| Bangunkarta | #34 | 10:46 | 10:50 |
| Batavia | #78 | 17:02 | 17:07 |
| Bima | #78 | 23:25 | 23:30 |
| Bogowonto | #2 | 08:19 | 08:23 |
| Commuter Line Prameks Kutoarjo | #9 | 06:10 | — |
| Commuter Line Yogyakarta | #13 | 06:23 | — |
| Fajar Utama Solo | #77 | 12:34 | 12:37 |
| Fajar Utama Yk | #1 | — | 07:00 |
| Gajayana | #56 | 20:19 | 20:24 |
| Kertanegara | #56 | 14:32 | 14:37 |
| Lodaya | #61 | 13:16 | 13:20 |
| Madiun Jaya | #24 | 10:00 | 10:03 |
| Malabar | #56 | 11:26 | 11:31 |
| Malioboro Ekspres | #26 | 10:45 | 10:50 |
| Manahan | #11 | 10:35 | 10:40 |
| Mataram | #11 | 09:29 | 09:34 |
| Mutiara Selatan | #46 | 22:11 | 22:16 |
| Sancaka | #1 | — | 06:45 |
| Senja Utama Solo | #11 | 19:42 | 19:47 |
| Senja Utama Yk | #1 | — | 17:30 |
| Taksaka | #1 | — | 07:30 |
| Turangga | #61 | 23:42 | 23:47 |
Urutan (#) menunjukkan posisi perhentian kereta tersebut pada stasiun ini di sepanjang rute.