Kalimas → Waru · ± 19 km (garis lurus)
Ringkas: Kereta Peti Kemas (KLM-WR) [KA 2539] melayani rute Kalimas–Waru dengan 11 perhentian/singgah menurut GAPEKA. Waktu tiba & berangkat tiap stasiun tercantum pada tabel di bawah.
| # | Stasiun | Tiba | Berangkat |
|---|---|---|---|
| 1 | Kalimas awal | 00:01 | 04:10 |
| 2 | Mesigit | — | 04:16 |
| 3 | Segitigamesigit | — | 04:18 |
| 4 | Sidotopo | 04:25 | 05:04 |
| 5 | Surabaya Gubeng | 05:11 | 05:17 |
| 6 | Ngagel lewat | — | — |
| 7 | Wonokromo | — | 05:23 |
| 8 | Margorejo lewat | — | — |
| 9 | Jemursari lewat | — | — |
| 10 | Kertomenanggal lewat | — | — |
| 11 | Waru akhir | 05:30 | — |
Waktu bersifat lokal (WIB/WITA/WIT sesuai daerah) dan mengikuti GAPEKA. Jadwal dapat berubah — konfirmasi di kanal resmi KAI.